土木工程一級學科依托濟南大學土木建筑學院，設有土木工程（國家一流專業、工程教育認證專業、山東省特色專業、山東省高水平應用型專業）與給排水科學與工程（國家一流專業、工程教育認證專業、山東省特色專業、山東省高水平應用型專業）兩個本科專業，并于2003年獲“結構工程”碩士學位授予權，2006年獲“防災減災工程及防護工程”碩士學位授予權，2010年獲“土木工程”一級學科碩士學位授予權與“建筑與土木工程”領域工程碩士學位授予權。2018年土木工程一級學科列為濟南大學博士點培育學科，2019年，全國工程碩士學位授權點布局調整，將原“建筑與土木工程”領域工程碩士授權點調整為“土木水利”工程碩士學位授權點。2021年獲“城鄉規劃”一級學科碩士學位授予權。

“土木工程”一級學科（學術型，081400）下設結構工程（01）、巖土工程（02）、市政工程（03）、防災減災工程及防護工程（04）四個二級學科；“土木水利”(專業型，085900) 涉及土木工程（085901）、市政工程（含給排水等）（085905）兩個研究領域/方向；

城鄉規劃一級學科依托濟南大學土木建筑學院，設有城鄉規劃（山東省一流專業、“全國北方規劃教育聯盟”成員單位）一個本科專業，始建于1998年，具有24年辦學歷史，并于2022年獲“城鄉規劃學（083300）”一級學科碩士學位授予權，為省內三個培養碩士研究生的城鄉規劃學科之一。

“城鄉規劃學”一級學科（學術型，083300），不區分方向，首批碩士研究生招生將于2022年招考（2023年9月入學）。

“工程管理”（專業型，125601）工程碩士范圍涉及工程項目管理（01），物流工程與管理（02），質量工程與標準化（03）三個研究領域/方向，該學位的人才培養與商學院合作，招生與課程由商學院負責，研究生學位論文在我院完成，目前僅招收非全日制碩士研究生。

學院碩士研究生學制均為三年，年均招生量約60名，其中學術型與專業型招生比例約1:2.5，研究生導師數量逐年增多，現擁有學術型導師21名，專業型導師27名，同時還聘請數十位國內外知名教授或知名企業高級工程師擔任講座教授、兼職教授和校外合作導師。目前已累計培養研究生500余名，受到社會和行業的高度認可，成為國內具有一定影響力的土木工程人才培養基地。